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# This code is part of the Biopython distribution and governed by its 

# license.  Please see the LICENSE file that should have been included 

# as part of this package. 

"""Codon tables based on those from the NCBI. 

 

These tables are based on parsing the NCBI file: 

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt 

 

Last updated for Version 3.9 

""" 

 

from __future__ import print_function 

 

from Bio import Alphabet 

from Bio.Alphabet import IUPAC 

from Bio.Data import IUPACData 

 

unambiguous_dna_by_name = {} 

unambiguous_dna_by_id = {} 

unambiguous_rna_by_name = {} 

unambiguous_rna_by_id = {} 

generic_by_name = {} # unambiguous DNA or RNA 

generic_by_id = {} # unambiguous DNA or RNA 

 

ambiguous_dna_by_name = {} 

ambiguous_dna_by_id = {} 

ambiguous_rna_by_name = {} 

ambiguous_rna_by_id = {} 

ambiguous_generic_by_name = {} # ambiguous DNA or RNA 

ambiguous_generic_by_id = {} # ambiguous DNA or RNA 

 

# standard IUPAC unambiguous codons 

standard_dna_table = None 

standard_rna_table = None 

 

# In the future, the back_table could return a statistically 

# appropriate distribution of codons, so do not cache the results of 

# back_table lookups! 

 

 

class TranslationError(Exception): 

    pass 

 

 

class CodonTable(object): 

    nucleotide_alphabet = Alphabet.generic_nucleotide 

    protein_alphabet = Alphabet.generic_protein 

 

    forward_table = {}    # only includes codons which actually code 

    back_table = {}       # for back translations 

    start_codons = [] 

    stop_codons = [] 

 

    # Not always called from derived classes! 

    def __init__(self, nucleotide_alphabet = nucleotide_alphabet, 

                 protein_alphabet = protein_alphabet, 

                 forward_table = forward_table, back_table = back_table, 

                 start_codons = start_codons, stop_codons = stop_codons): 

        self.nucleotide_alphabet = nucleotide_alphabet 

        self.protein_alphabet = protein_alphabet 

        self.forward_table = forward_table 

        self.back_table = back_table 

        self.start_codons = start_codons 

        self.stop_codons = stop_codons 

 

    def __str__(self): 

        """Returns a simple text representation of the codon table 

 

        e.g. 

        >>> import Bio.Data.CodonTable 

        >>> print(Bio.Data.CodonTable.standard_dna_table) 

        >>> print(Bio.Data.CodonTable.generic_by_id[1]) 

        """ 

 

        if self.id: 

            answer = "Table %i" % self.id 

        else: 

            answer = "Table ID unknown" 

        if self.names: 

            answer += " " + ", ".join([x for x in self.names if x]) 

 

        #Use the main four letters (and the conventional ordering) 

        #even for ambiguous tables 

        letters = self.nucleotide_alphabet.letters 

        if isinstance(self.nucleotide_alphabet, Alphabet.DNAAlphabet) \ 

        or (letters is not None and "T" in letters): 

            letters = "TCAG" 

        else: 

            #Should be either RNA or generic nucleotides, 

            #e.g. Bio.Data.CodonTable.generic_by_id[1] 

            letters = "UCAG" 

 

        #Build the table... 

        answer += "\n\n  |" + "|".join("  %s      " % c2 for c2 in letters) + "|" 

        answer += "\n--+" + "+".join("---------" for c2 in letters) + "+--" 

        for c1 in letters: 

            for c3 in letters: 

                line = c1 + " |" 

                for c2 in letters: 

                    codon = c1+c2+c3 

                    line += " %s" % codon 

                    if codon in self.stop_codons: 

                        line += " Stop|" 

                    else: 

                        try: 

                            amino = self.forward_table[codon] 

                        except KeyError: 

                            amino = "?" 

                        except TranslationError: 

                            amino = "?" 

                        if codon in self.start_codons: 

                            line += " %s(s)|" % amino 

                        else: 

                            line += " %s   |" % amino 

                line += " " + c3 

                answer += "\n"+ line 

            answer += "\n--+" + "+".join("---------" for c2 in letters) + "+--" 

        return answer 

 

 

def make_back_table(table, default_stop_codon): 

    #  ONLY RETURNS A SINGLE CODON 

    # Do the sort so changes in the hash implementation won't affect 

    # the result when one amino acid is coded by more than one codon. 

    back_table = {} 

    for key in sorted(table): 

        back_table[table[key]] = key 

    back_table[None] = default_stop_codon 

    return back_table 

 

 

class NCBICodonTable(CodonTable): 

    nucleotide_alphabet = Alphabet.generic_nucleotide 

    protein_alphabet = IUPAC.protein 

 

    def __init__(self, id, names, table, start_codons, stop_codons): 

        self.id = id 

        self.names = names 

        self.forward_table = table 

        self.back_table = make_back_table(table, stop_codons[0]) 

        self.start_codons = start_codons 

        self.stop_codons = stop_codons 

 

 

class NCBICodonTableDNA(NCBICodonTable): 

    nucleotide_alphabet = IUPAC.unambiguous_dna 

 

 

class NCBICodonTableRNA(NCBICodonTable): 

    nucleotide_alphabet = IUPAC.unambiguous_rna 

 

 

#########  Deal with ambiguous forward translations 

 

class AmbiguousCodonTable(CodonTable): 

    def __init__(self, codon_table, 

                 ambiguous_nucleotide_alphabet, 

                 ambiguous_nucleotide_values, 

                 ambiguous_protein_alphabet, 

                 ambiguous_protein_values): 

        CodonTable.__init__(self, 

                            ambiguous_nucleotide_alphabet, 

                            ambiguous_protein_alphabet, 

                            AmbiguousForwardTable(codon_table.forward_table, 

                                                  ambiguous_nucleotide_values, 

                                                  ambiguous_protein_values), 

                            codon_table.back_table, 

 

                            # These two are WRONG!  I need to get the 

                            # list of ambiguous codons which code for 

                            # the stop codons  XXX 

                            list_ambiguous_codons(codon_table.start_codons, ambiguous_nucleotide_values), 

                            list_ambiguous_codons(codon_table.stop_codons, ambiguous_nucleotide_values) 

                            ) 

        self._codon_table = codon_table 

 

    # Be sneaky and forward attribute lookups to the original table. 

    # This lets us get the names, if the original table is an NCBI 

    # table. 

    def __getattr__(self, name): 

        return getattr(self._codon_table, name) 

 

 

def list_possible_proteins(codon, forward_table, ambiguous_nucleotide_values): 

        c1, c2, c3 = codon 

        x1 = ambiguous_nucleotide_values[c1] 

        x2 = ambiguous_nucleotide_values[c2] 

        x3 = ambiguous_nucleotide_values[c3] 

        possible = {} 

        stops = [] 

        for y1 in x1: 

            for y2 in x2: 

                for y3 in x3: 

                    try: 

                        possible[forward_table[y1+y2+y3]] = 1 

                    except KeyError: 

                        # If tripping over a stop codon 

                        stops.append(y1+y2+y3) 

        if stops: 

            if possible: 

                raise TranslationError("ambiguous codon '%s' codes " % codon 

                                       + "for both proteins and stop codons") 

            # This is a true stop codon - tell the caller about it 

            raise KeyError(codon) 

        return list(possible) 

 

 

def list_ambiguous_codons(codons, ambiguous_nucleotide_values): 

    """Extends a codon list to include all possible ambigous codons. 

 

    e.g. ['TAG', 'TAA'] -> ['TAG', 'TAA', 'TAR'] 

         ['UAG', 'UGA'] -> ['UAG', 'UGA', 'URA'] 

 

    Note that ['TAG', 'TGA'] -> ['TAG', 'TGA'], this does not add 'TRR'. 

    Thus only two more codons are added in the following: 

 

    e.g. ['TGA', 'TAA', 'TAG'] -> ['TGA', 'TAA', 'TAG', 'TRA', 'TAR'] 

 

    Returns a new (longer) list of codon strings. 

    """ 

 

    #Note ambiguous_nucleotide_values['R'] = 'AG' (etc) 

    #This will generate things like 'TRR' from ['TAG', 'TGA'], which 

    #we don't want to include: 

    c1_list = sorted(letter for (letter, meanings) 

               in ambiguous_nucleotide_values.items() 

               if set(codon[0] for codon in codons).issuperset(set(meanings))) 

    c2_list = sorted(letter for (letter, meanings) 

               in ambiguous_nucleotide_values.items() 

               if set(codon[1] for codon in codons).issuperset(set(meanings))) 

    c3_list = sorted(letter for (letter, meanings) 

               in ambiguous_nucleotide_values.items() 

               if set(codon[2] for codon in codons).issuperset(set(meanings))) 

    #candidates is a list (not a set) to preserve the iteration order 

    candidates = [] 

    for c1 in c1_list: 

        for c2 in c2_list: 

            for c3 in c3_list: 

                codon = c1+c2+c3 

                if codon not in candidates and codon not in codons: 

                    candidates.append(codon) 

    answer = codons[:]  # copy 

    #print "Have %i new candidates" % len(candidates) 

    for ambig_codon in candidates: 

        wanted = True 

        #e.g. 'TRR' -> 'TAA', 'TAG', 'TGA', 'TGG' 

        for codon in [c1+c2+c3 

                      for c1 in ambiguous_nucleotide_values[ambig_codon[0]] 

                      for c2 in ambiguous_nucleotide_values[ambig_codon[1]] 

                      for c3 in ambiguous_nucleotide_values[ambig_codon[2]]]: 

            if codon not in codons: 

                #This ambiguous codon can code for a non-stop, exclude it! 

                wanted=False 

                #print "Rejecting %s" % ambig_codon 

                continue 

        if wanted: 

            answer.append(ambig_codon) 

    return answer 

 

assert list_ambiguous_codons(['TGA', 'TAA'], IUPACData.ambiguous_dna_values) == ['TGA', 'TAA', 'TRA'] 

assert list_ambiguous_codons(['TAG', 'TGA'], IUPACData.ambiguous_dna_values) == ['TAG', 'TGA'] 

assert list_ambiguous_codons(['TAG', 'TAA'], IUPACData.ambiguous_dna_values) == ['TAG', 'TAA', 'TAR'] 

assert list_ambiguous_codons(['UAG', 'UAA'], IUPACData.ambiguous_rna_values) == ['UAG', 'UAA', 'UAR'] 

assert list_ambiguous_codons(['TGA', 'TAA', 'TAG'], 

                                 IUPACData.ambiguous_dna_values) == ['TGA', 'TAA', 'TAG', 'TAR', 'TRA'] 

 

# Forward translation is "onto", that is, any given codon always maps 

# to the same protein, or it doesn't map at all.  Thus, I can build 

# off of an existing table to produce the ambiguous mappings. 

# 

# This handles the general case.  Perhaps it's overkill? 

#  >>> t = CodonTable.ambiguous_dna_by_id[1] 

#  >>> t.forward_table["AAT"] 

#  'N' 

#  >>> t.forward_table["GAT"] 

#  'D' 

#  >>> t.forward_table["RAT"] 

#  'B' 

#  >>> t.forward_table["YTA"] 

#  'L' 

 

 

class AmbiguousForwardTable(object): 

    def __init__(self, forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein): 

        self.forward_table = forward_table 

 

        self.ambiguous_nucleotide = ambiguous_nucleotide 

        self.ambiguous_protein = ambiguous_protein 

 

        inverted = {} 

        for name, val in ambiguous_protein.items(): 

            for c in val: 

                x = inverted.get(c, {}) 

                x[name] = 1 

                inverted[c] = x 

        for name, val in inverted.items(): 

            inverted[name] = list(val) 

        self._inverted = inverted 

 

        self._cache = {} 

 

    def get(self, codon, failobj = None): 

        try: 

            return self.__getitem__(codon) 

        except KeyError: 

            return failobj 

 

    def __getitem__(self, codon): 

        try: 

            x = self._cache[codon] 

        except KeyError: 

            pass 

        else: 

            if x is TranslationError: 

                raise TranslationError(codon)   # no unique translation 

            if x is KeyError: 

                raise KeyError(codon)  # it's a stop codon 

            return x 

        try: 

            x = self.forward_table[codon] 

            self._cache[codon] = x 

            return x 

        except KeyError: 

            pass 

 

        # XXX Need to make part of this into a method which returns 

        # a list of all possible encodings for a codon! 

        try: 

            possible = list_possible_proteins(codon, 

                                              self.forward_table, 

                                              self.ambiguous_nucleotide) 

        except KeyError: 

            self._cache[codon] = KeyError 

            raise KeyError(codon)  # stop codon 

        except TranslationError: 

            self._cache[codon] = TranslationError 

            raise TranslationError(codon)  # does not code 

        assert len(possible) > 0, "unambiguous codons must code" 

 

        # Hah!  Only one possible protein, so use it 

        if len(possible) == 1: 

            self._cache[codon] = possible[0] 

            return possible[0] 

 

        # See if there's an ambiguous protein encoding for the multiples. 

        # Find residues which exist in every coding set. 

        ambiguous_possible = {} 

        for amino in possible: 

            for term in self._inverted[amino]: 

                ambiguous_possible[term] = ambiguous_possible.get(term, 0) + 1 

 

        n = len(possible) 

        possible = [] 

        for amino, val in ambiguous_possible.items(): 

            if val == n: 

                possible.append(amino) 

 

        # No amino acid encoding for the results 

        if len(possible) == 0: 

            self._cache[codon] = TranslationError 

            raise TranslationError(codon)   # no valid translation 

 

        # All of these are valid, so choose one 

        # To be unique, sort by smallet ambiguity then alphabetically 

        # Can get this if "X" encodes for everything. 

        #def _sort(x, y, table = self.ambiguous_protein): 

        #    a = cmp(len(table[x]), len(table[y])) 

        #    if a == 0: 

        #        return cmp(x, y) 

        #    return a 

 

        #Sort by key is 2.x and 3.x compatible 

        possible.sort(key=lambda x:(len(self.ambiguous_protein[x]), x)) 

 

        x = possible[0] 

        self._cache[codon] = x 

        return x 

 

 

def register_ncbi_table(name, alt_name, id, 

                        table, start_codons, stop_codons): 

    """Turns codon table data into objects, and stores them in the dictionaries (PRIVATE).""" 

    #In most cases names are divided by "; ", however there is also 

    #'Bacterial and Plant Plastid' (which used to be just 'Bacterial') 

    names = [x.strip() for x in name.replace(" and ", "; ").split("; ")] 

 

    dna = NCBICodonTableDNA(id, names + [alt_name], table, start_codons, 

                            stop_codons) 

 

    ambig_dna = AmbiguousCodonTable(dna, 

                                    IUPAC.ambiguous_dna, 

                                    IUPACData.ambiguous_dna_values, 

                                    IUPAC.extended_protein, 

                                    IUPACData.extended_protein_values) 

 

    # replace all T's with U's for the RNA tables 

    rna_table = {} 

    generic_table = {} 

    for codon, val in table.items(): 

        generic_table[codon] = val 

        codon = codon.replace("T", "U") 

        generic_table[codon] = val 

        rna_table[codon] = val 

    rna_start_codons = [] 

    generic_start_codons = [] 

    for codon in start_codons: 

        generic_start_codons.append(codon) 

        codon = codon.replace("T", "U") 

        generic_start_codons.append(codon) 

        rna_start_codons.append(codon) 

    rna_stop_codons = [] 

    generic_stop_codons = [] 

    for codon in stop_codons: 

        generic_stop_codons.append(codon) 

        codon = codon.replace("T", "U") 

        generic_stop_codons.append(codon) 

        rna_stop_codons.append(codon) 

 

    generic = NCBICodonTable(id, names + [alt_name], generic_table, 

                             generic_start_codons, generic_stop_codons) 

 

    #The following isn't very elegant, but seems to work nicely. 

    _merged_values = dict(IUPACData.ambiguous_rna_values.items()) 

    _merged_values["T"] = "U" 

    ambig_generic = AmbiguousCodonTable(generic, 

                                        Alphabet.NucleotideAlphabet(), 

                                        _merged_values, 

                                        IUPAC.extended_protein, 

                                        IUPACData.extended_protein_values) 

 

    rna = NCBICodonTableRNA(id, names + [alt_name], rna_table, 

                            rna_start_codons, rna_stop_codons) 

 

    ambig_rna = AmbiguousCodonTable(rna, 

                                    IUPAC.ambiguous_rna, 

                                    IUPACData.ambiguous_rna_values, 

                                    IUPAC.extended_protein, 

                                    IUPACData.extended_protein_values) 

 

    if id == 1: 

        global standard_dna_table, standard_rna_table 

        standard_dna_table = dna 

        standard_rna_table = rna 

 

    unambiguous_dna_by_id[id] = dna 

    unambiguous_rna_by_id[id] = rna 

    generic_by_id[id] = generic 

    ambiguous_dna_by_id[id] = ambig_dna 

    ambiguous_rna_by_id[id] = ambig_rna 

    ambiguous_generic_by_id[id] = ambig_generic 

 

    if alt_name is not None: 

        names.append(alt_name) 

 

    for name in names: 

        unambiguous_dna_by_name[name] = dna 

        unambiguous_rna_by_name[name] = rna 

        generic_by_name[name] = generic 

        ambiguous_dna_by_name[name] = ambig_dna 

        ambiguous_rna_by_name[name] = ambig_rna 

        ambiguous_generic_by_name[name] = ambig_generic 

 

 

### These tables created from the data file 

###  ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt 

### using the following: 

##import re 

##for line in open("gc.prt").readlines(): 

##    if line[:2] == " {": 

##        names = [] 

##        id = None 

##        aa = None 

##        start = None 

##        bases = [] 

##    elif line[:6] == "  name": 

##        names.append(re.search('"([^"]*)"', line).group(1)) 

##    elif line[:8] == "    name": 

##        names.append(re.search('"(.*)$', line).group(1)) 

##    elif line == ' Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma" ,\n': 

##        names[-1] = names[-1] + " Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma" 

##    elif line[:4] == "  id": 

##        id = int(re.search('(\d+)', line).group(1)) 

##    elif line[:10] == "  ncbieaa ": 

##        aa = line[12:12+64] 

##    elif line[:10] == "  sncbieaa": 

##        start = line[12:12+64] 

##    elif line[:9] == "  -- Base": 

##        bases.append(line[12:12+64]) 

##    elif line[:2] == " }": 

##        assert names != [] and id is not None and aa is not None 

##        assert start is not None and bases != [] 

##        if len(names) == 1: 

##            names.append(None) 

##        print "register_ncbi_table(name = %s," % repr(names[0]) 

##        print "                    alt_name = %s, id = %d," % \ 

##              (repr(names[1]), id) 

##        print "                    table = {" 

##        s = "    " 

##        for i in range(64): 

##            if aa[i] != "*": 

##                t = " '%s%s%s': '%s'," % (bases[0][i], bases[1][i], 

##                                          bases[2][i], aa[i]) 

##                if len(s) + len(t) > 75: 

##                    print s 

##                    s = "    " + t 

##                else: 

##                    s = s + t 

##        print s, "}," 

 

##        s = "                    stop_codons = [" 

##        for i in range(64): 

##            if aa[i] == "*": 

##                t = " '%s%s%s'," % (bases[0][i], bases[1][i], bases[2][i]) 

##                if len(s) + len(t) > 75: 

##                    print s 

##                    s = "                                    " + t 

##                else: 

##                    s = s + t 

##        print s, "]," 

 

##        s = "                    start_codons = [" 

##        for i in range(64): 

##            if start[i] == "M": 

##                t = " '%s%s%s'," % (bases[0][i], bases[1][i], bases[2][i]) 

##                if len(s) + len(t) > 75: 

##                    print s 

##                    s = "                                    " + t 

##                else: 

##                    s = s + t 

##        print s, "]" 

##        print "                    )" 

##    elif line[:2] == "--" or line == "\n" or line == "}\n" or \ 

##         line == 'Genetic-code-table ::= {\n': 

##        pass 

##    else: 

##        raise Exception("Unparsed: " + repr(line)) 

 

register_ncbi_table(name = 'Standard', 

                    alt_name = 'SGC0', id = 1, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 

     'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 

     'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 

     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 

     'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 

     'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 

     'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 

     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 

     'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 

     'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 

     'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'TTG', 'CTG', 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Vertebrate Mitochondrial', 

                    alt_name = 'SGC1', id = 2, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'M', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'GTT': 'V', 

     'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 

     'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 

     'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', 'AGA', 'AGG', ], 

                    start_codons = [ 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Yeast Mitochondrial', 

                    alt_name = 'SGC2', id = 3, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'T', 

     'CTC': 'T', 'CTA': 'T', 'CTG': 'T', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'M', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 

     'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'ATA', 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Mold Mitochondrial; Protozoan Mitochondrial; Coelenterate Mitochondrial; Mycoplasma; Spiroplasma', 

                    alt_name = 'SGC3', id = 4, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 

     'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'TTA', 'TTG', 'CTG', 'ATT', 'ATC', 

                                     'ATA', 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Invertebrate Mitochondrial', 

                    alt_name = 'SGC4', id = 5, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'M', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'S', 

     'AGG': 'S', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'TTG', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 

                                     'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear', 

                    alt_name = 'SGC5', id = 6, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TAA': 'Q', 'TAG': 'Q', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 

     'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 

     'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 

     'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 

     'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 

     'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 

     'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 

     'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 

     'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 

     'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 

     'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Echinoderm Mitochondrial; Flatworm Mitochondrial', 

                    alt_name = 'SGC8', id = 9, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'N', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'S', 

     'AGG': 'S', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Euplotid Nuclear', 

                    alt_name = 'SGC9', id = 10, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 

     'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Bacterial and Plant Plastid', 

                    alt_name = None, id = 11, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 

     'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 

     'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 

     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 

     'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 

     'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 

     'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 

     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 

     'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 

     'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 

     'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'TTG', 'CTG', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 

                                     'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Alternative Yeast Nuclear', 

                    alt_name = None, id = 12, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 

     'CTA': 'L', 'CTG': 'S', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 

     'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 

     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 

     'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 

     'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 

     'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 

     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 

     'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 

     'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 

     'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'CTG', 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Ascidian Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 13, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'M', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'G', 

     'AGG': 'G', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'TTG', 'ATA', 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Alternative Flatworm Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 14, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TAA': 'Y', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 

     'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 

     'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 

     'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 

     'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 

     'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 

     'AAC': 'N', 'AAA': 'N', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 

     'AGA': 'S', 'AGG': 'S', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 

     'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 

     'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 

     'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Blepharisma Macronuclear', 

                    alt_name = None, id = 15, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TAG': 'Q', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 

     'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Chlorophycean Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 16, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TAG': 'L', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 

     'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Trematode Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 21, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGA': 'W', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 

     'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 

     'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 

     'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 

     'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'M', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 

     'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 

     'AAA': 'N', 'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'S', 

     'AGG': 'S', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 

     'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 

     'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 

     'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TAA', 'TAG', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Scenedesmus obliquus Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 22, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 

     'TCC': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TAG': 'L', 

     'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 

     'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 

     'CCG': 'P', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 

     'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 

     'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 

     'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 

     'AAG': 'K', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 

     'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 

     'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 

     'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 

     'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TCA', 'TAA', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'ATG', ] 

                    ) 

register_ncbi_table(name = 'Thraustochytrium Mitochondrial', 

                    alt_name = None, id = 23, 

                    table = { 

     'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TTG': 'L', 'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 

     'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TGT': 'C', 

     'TGC': 'C', 'TGG': 'W', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 

     'CTG': 'L', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 

     'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'CGT': 'R', 

     'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 

     'ATA': 'I', 'ATG': 'M', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 

     'ACG': 'T', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 

     'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 'GTT': 'V', 

     'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 

     'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 

     'GAG': 'E', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G', }, 

                    stop_codons = [ 'TTA', 'TAA', 'TAG', 'TGA', ], 

                    start_codons = [ 'ATT', 'ATG', 'GTG', ] 

                    ) 

 

#Basic sanity test, 

for key, val in generic_by_name.items(): 

    assert key in ambiguous_generic_by_name[key].names 

for key, val in generic_by_id.items(): 

    assert ambiguous_generic_by_id[key].id == key 

del key, val 

 

for n in ambiguous_generic_by_id: 

    assert ambiguous_rna_by_id[n].forward_table["GUU"] == "V" 

    assert ambiguous_rna_by_id[n].forward_table["GUN"] == "V" 

    if n != 23 : 

        #For table 23, UUN = F, L or stop. 

        assert ambiguous_rna_by_id[n].forward_table["UUN"] == "X"  # F or L 

    #R = A or G, so URR = UAA or UGA / TRA = TAA or TGA = stop codons 

    if "UAA" in unambiguous_rna_by_id[n].stop_codons \ 

    and "UGA" in unambiguous_rna_by_id[n].stop_codons: 

        try: 

            print(ambiguous_dna_by_id[n].forward_table["TRA"]) 

            assert False, "Should be a stop only" 

        except KeyError: 

            pass 

        assert "URA" in ambiguous_generic_by_id[n].stop_codons 

        assert "URA" in ambiguous_rna_by_id[n].stop_codons 

        assert "TRA" in ambiguous_generic_by_id[n].stop_codons 

        assert "TRA" in ambiguous_dna_by_id[n].stop_codons 

del n 

assert ambiguous_generic_by_id[1] == ambiguous_generic_by_name["Standard"] 

assert ambiguous_generic_by_id[4] == ambiguous_generic_by_name["SGC3"] 

assert ambiguous_generic_by_id[11] == ambiguous_generic_by_name["Bacterial"] 

assert ambiguous_generic_by_id[11] == ambiguous_generic_by_name["Plant Plastid"] 

assert ambiguous_generic_by_id[15] == ambiguous_generic_by_name['Blepharisma Macronuclear'] 

assert generic_by_id[1] == generic_by_name["Standard"] 

assert generic_by_id[4] == generic_by_name["SGC3"] 

assert generic_by_id[11] == generic_by_name["Bacterial"] 

assert generic_by_id[11] == generic_by_name["Plant Plastid"] 

assert generic_by_id[15] == generic_by_name['Blepharisma Macronuclear']