SONIA/
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── data_infer.txt
├── data_seqs.txt
├── gen_seqs.txt
├── setup.py
└── sonia
├── __init__.py
├── evaluate.py
├── evaluate_model.py
├── generate.py
├── infer.py
├── plotting.py
├── sequence_generation.py
├── sonia.py
├── sonia_leftpos_rightpos.py
├── sonia_length_pos.py
├── utils.py
└── default_models
├── human_B_heavy
│ ├── J_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── V_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── features.tsv
│ ├── log.txt
│ ├── model_marginals.txt
│ └── model_params.txt
├── human_B_kappa
│ ├── J_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── V_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── features.tsv
│ ├── log.txt
│ ├── model_marginals.txt
│ └── model_params.txt
├── human_B_lambda
│ ├── J_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── V_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── features.tsv
│ ├── log.txt
│ ├── model_marginals.txt
│ └── model_params.txt
├── human_T_alpha
│ ├── J_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── V_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── features.tsv
│ ├── log.txt
│ ├── model_marginals.txt
│ └── model_params.txt
├── human_T_beta
│ ├── J_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── V_gene_CDR3_anchors.csv
│ ├── features.tsv
│ ├── log.txt
│ ├── model_marginals.txt
│ └── model_params.txt
└── mouse_T_beta
├── J_gene_CDR3_anchors.csv
├── V_gene_CDR3_anchors.csv
├── features.tsv
├── log.txt
├── model_marginals.txt
└── model_params.txt