E.coli core DFBA model
Model version: 2
BOUNDS submodel
Submodel for dynamically calculating the flux bounds. The dynamically changing flux bounds are the input to the FBA model.
Description
This is a metabolism model of Homo sapiens in SBML format.
Terms of use
Redistribution and use of any part of this model from BiGG Models knowledge-base, with or without modification, are permitted provided that the following conditions are met:
- Redistributions of this SBML file must retain the above copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer.
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References
When using content from BiGG Models knowledge-base in your research works, please cite- King ZA, Lu JS, Dräger A, Miller PC, Federowicz S, Lerman JA, Ebrahim A, Palsson BO, and Lewis NE. (2015).
- BiGG Models: A platform for integrating, standardizing, and sharing genome-scale models. Nucl Acids Res. doi:10.1093/nar/gkv1049
Model : rbc_bounds
CreatorMatthias, Koenig, Humboldt University Berlin, konigmatt@googlemail.com
Created: 2018-11-01 12:49
Modified: 2018-11-01 12:49
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![]() |
type | Ports [230] | name | referenced element | port ref | id ref | unit ref | metaid ref | sbo | cvterm |
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Port | dt_port
|
port dt | Parameter: dt |
dt | |||||
Port | blood_port
|
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blood | |||||
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Port | camp_e_port
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Port | chol_e_port
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chol_e | |||||
Port | cl_e_port
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cl_e | |||||
Port | co_e_port
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co_e | |||||
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co2_e | |||||
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|
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dopa_e | |||||
Port | etha_e_port
|
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|
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fe2_e | |||||
Port | fru_e_port
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fru_e | |||||
Port | fum_e_port
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fum_e | |||||
Port | gal_e_port
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gal_e | |||||
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gam_e | |||||
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gly_e | |||||
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glyc_e | |||||
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gthox_e | |||||
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h_e | |||||
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h2o_e | |||||
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hco3_e | |||||
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hdca_e | |||||
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hxan_e | |||||
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ins_e | |||||
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k_e | |||||
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leuktrA4_e | |||||
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mepi_e | |||||
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na1_e | |||||
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o2_e | |||||
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orot_e | |||||
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pi_e | |||||
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ub_EX_k_e | |||||
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|
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lb_EX_lac__D_e | |||||
Port | ub_EX_lac__D_e_port
|
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ub_EX_lac__D_e | |||||
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|
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lb_EX_lac__L_e | |||||
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|
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ub_EX_lac__L_e | |||||
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|
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lb_EX_leuktrA4_e | |||||
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|
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ub_EX_leuktrA4_e | |||||
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|
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lb_EX_leuktrB4_e | |||||
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|
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ub_EX_leuktrB4_e | |||||
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|
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lb_EX_lnlc_e | |||||
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lb_EX_mal__L_e | |||||
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|
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|
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lb_EX_man_e | |||||
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|
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ub_EX_man_e | |||||
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|
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|
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|
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lb_EX_ncam_e | |||||
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|
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|
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lb_EX_normete__L_e | |||||
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|
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ub_EX_normete__L_e | |||||
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|
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lb_EX_nrpphr_e | |||||
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|
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|
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lb_EX_o2_e | |||||
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|
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ub_EX_o2_e | |||||
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|
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lb_EX_ocdcea_e | |||||
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|
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ub_EX_ocdcea_e | |||||
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|
port lb_EX_orot_e | Parameter: lb_EX_orot_e |
lb_EX_orot_e | |||||
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|
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ub_EX_orot_e | |||||
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|
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lb_EX_phe__L_e | |||||
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|
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ub_EX_phe__L_e | |||||
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|
port lb_EX_pi_e | Parameter: lb_EX_pi_e |
lb_EX_pi_e | |||||
Port | ub_EX_pi_e_port
|
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ub_EX_pi_e | |||||
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|
port lb_EX_ptrc_e | Parameter: lb_EX_ptrc_e |
lb_EX_ptrc_e | |||||
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|
port ub_EX_ptrc_e | Parameter: ub_EX_ptrc_e |
ub_EX_ptrc_e | |||||
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|
port lb_EX_pydam_e | Parameter: lb_EX_pydam_e |
lb_EX_pydam_e | |||||
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|
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ub_EX_pydam_e | |||||
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|
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lb_EX_pydx_e | |||||
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|
port ub_EX_pydx_e | Parameter: ub_EX_pydx_e |
ub_EX_pydx_e | |||||
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|
port lb_EX_pydxn_e | Parameter: lb_EX_pydxn_e |
lb_EX_pydxn_e | |||||
Port | ub_EX_pydxn_e_port
|
port ub_EX_pydxn_e | Parameter: ub_EX_pydxn_e |
ub_EX_pydxn_e | |||||
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|
port lb_EX_pyr_e | Parameter: lb_EX_pyr_e |
lb_EX_pyr_e | |||||
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|
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|
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lb_EX_ribflv_e | |||||
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|
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ub_EX_ribflv_e | |||||
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|
port lb_EX_spmd_e | Parameter: lb_EX_spmd_e |
lb_EX_spmd_e | |||||
Port | ub_EX_spmd_e_port
|
port ub_EX_spmd_e | Parameter: ub_EX_spmd_e |
ub_EX_spmd_e | |||||
Port | lb_EX_sprm_e_port
|
port lb_EX_sprm_e | Parameter: lb_EX_sprm_e |
lb_EX_sprm_e | |||||
Port | ub_EX_sprm_e_port
|
port ub_EX_sprm_e | Parameter: ub_EX_sprm_e |
ub_EX_sprm_e | |||||
Port | lb_EX_thm_e_port
|
port lb_EX_thm_e | Parameter: lb_EX_thm_e |
lb_EX_thm_e | |||||
Port | ub_EX_thm_e_port
|
port ub_EX_thm_e | Parameter: ub_EX_thm_e |
ub_EX_thm_e | |||||
Port | lb_EX_thmmp_e_port
|
port lb_EX_thmmp_e | Parameter: lb_EX_thmmp_e |
lb_EX_thmmp_e | |||||
Port | ub_EX_thmmp_e_port
|
port ub_EX_thmmp_e | Parameter: ub_EX_thmmp_e |
ub_EX_thmmp_e | |||||
Port | lb_EX_urea_e_port
|
port lb_EX_urea_e | Parameter: lb_EX_urea_e |
lb_EX_urea_e | |||||
Port | ub_EX_urea_e_port
|
port ub_EX_urea_e | Parameter: ub_EX_urea_e |
ub_EX_urea_e | |||||
Port | lb_EX_uri_e_port
|
port lb_EX_uri_e | Parameter: lb_EX_uri_e |
lb_EX_uri_e | |||||
Port | ub_EX_uri_e_port
|
port ub_EX_uri_e | Parameter: ub_EX_uri_e |
ub_EX_uri_e |
type | FunctionDefinitions [2] | name | math | sbo | cvterm |
---|---|---|---|---|---|
FunctionDefinition | max
|
min | |||
FunctionDefinition | min
|
max |
type | UnitDefinitions [12] | name | units | sbo | cvterm |
---|---|---|---|---|---|
UnitDefinition | h
|
||||
UnitDefinition | g
|
||||
UnitDefinition | m
|
||||
UnitDefinition | m2
|
||||
UnitDefinition | l
|
||||
UnitDefinition | mmol
|
||||
UnitDefinition | per_h
|
||||
UnitDefinition | mmol_per_h
|
||||
UnitDefinition | mmol_per_l
|
||||
UnitDefinition | l_per_mmol
|
||||
UnitDefinition | g_per_l
|
||||
UnitDefinition | g_per_mmol
|
type | Compartments [1] | name | size | constant | spatial dimensions | units | derived units | sbo | cvterm |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Compartment | blood
|
blood | 1.0 | T | 3 | l |
type | Species [76] | name | compartment | hasOnlySubstanceUnits | boundaryCondition | constant | initialAmount | initialConcentration | conversionFactor | units | substanceUnits | derivedUnits | sbo | cvterm |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Species | M_35cgmp_e
|
3',5'-Cyclic GMP | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | M_3moxtyr_e
|
3moxtyr c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | M_4pyrdx_e
|
4pyrdx c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | M_5aop_e
|
5-Amino-4-oxopentanoate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ac_e
|
Acetate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | acald_e
|
Acetaldehyde | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | acnam_e
|
N-Acetylneuraminate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ade_e
|
Adenine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | adn_e
|
Adenosine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | adrnl_e
|
Adrnl c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ala__L_e
|
L-Alanine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | arg__L_e
|
L-Arginine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ascb__L_e
|
L-Ascorbate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | bilglcur_e
|
Bilglcur c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ca2_e
|
Calcium | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | camp_e
|
CAMP | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | chol_e
|
Choline | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | cl_e
|
Chloride | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | co_e
|
Carbon monoxide | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | co2_e
|
CO2 | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | cys__L_e
|
L-Cysteine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | dhdascb_e
|
Dhdascb c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | dopa_e
|
Dopamine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | etha_e
|
Ethanolamine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | fe2_e
|
Fe2+ | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | fru_e
|
D-Fructose | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | fum_e
|
Fumarate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gal_e
|
D-Galactose | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gam_e
|
D-Glucosamine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | glc__D_e
|
D-Glucose | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gln__L_e
|
L-Glutamine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gluala_e
|
5 L Glutamyl L alanine C8H13N2O5 | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gly_e
|
Glycine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | glyc_e
|
Glycerol | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | gthox_e
|
Oxidized glutathione | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | h_e
|
H+ | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | h2o_e
|
H2O | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | h2o2_e
|
Hydrogen peroxide | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | hco3_e
|
Bicarbonate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | hcys__L_e
|
L-Homocysteine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | hdca_e
|
Hexadecanoate (n-C16:0) | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | hxan_e
|
Hypoxanthine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ins_e
|
Inosine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | k_e
|
Potassium | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | lac__D_e
|
D-Lactate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | lac__L_e
|
L-Lactate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | leuktrA4_e
|
LeuktrA4 c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | leuktrB4_e
|
LeuktrB4 c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | lnlc_e
|
Lnlc c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | mal__L_e
|
L-Malate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | man_e
|
D-Mannose | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | mepi_e
|
Mepi c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | met__L_e
|
L-Methionine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | na1_e
|
Sodium | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | nac_e
|
Nicotinate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ncam_e
|
Nicotinamide | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | nh4_e
|
Ammonium | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | normete__L_e
|
Normete L c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | nrpphr_e
|
Nrpphr c | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | o2_e
|
O2 | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ocdcea_e
|
Octadecenoate (n-C18:1) | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | orot_e
|
Orotate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | phe__L_e
|
L-Phenylalanine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | pi_e
|
Phosphate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ptrc_e
|
Putrescine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | pydam_e
|
Pyridoxamine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | pydx_e
|
Pyridoxal | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | pydxn_e
|
Pyridoxine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | pyr_e
|
Pyruvate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | ribflv_e
|
Riboflavin | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | spmd_e
|
Spermidine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | sprm_e
|
Spermine C10H30N4 | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | thm_e
|
Thiamin | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | thmmp_e
|
Thiamin monophosphate | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | urea_e
|
Urea | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol | |||||
Species | uri_e
|
Uridine | blood | F | F | F | 1.0 | mmol | mmol |
type | Parameters [229] | name | constant | value | unit | derived unit | sbo | cvterm |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Parameter | dt
|
T | 0.1 | h | ||||
Parameter | lb_EX_M_35cgmp_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_M_35cgmp_e
|
F | 0.024 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_M_3moxtyr_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_M_3moxtyr_e
|
F | 0.0324 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_M_4pyrdx_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_M_4pyrdx_e
|
F | 0.000383 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_M_5aop_e
|
F | -0.02 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_M_5aop_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_ac_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_ac_e
|
F | 3.74e-05 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_acald_e
|
F | -10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_acald_e
|
F | 10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_acnam_e
|
F | -3.74e-05 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_acnam_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_ade_e
|
F | -0.014 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_ade_e
|
F | 0.01 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_adn_e
|
F | -0.01 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_adn_e
|
F | 0.014 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_adrnl_e
|
F | -0.0378 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_adrnl_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_ala__L_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_ala__L_e
|
F | 0.08 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_arg__L_e
|
F | -0.1152 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_arg__L_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_ascb__L_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_ascb__L_e
|
F | 0.1111 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_bilglcur_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_bilglcur_e
|
F | 0.0025 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_ca2_e
|
F | -10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_ca2_e
|
F | 10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_camp_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_camp_e
|
F | 0.024 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_chol_e
|
F | -0.012 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_chol_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_cl_e
|
F | -10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_cl_e
|
F | 10.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_co_e
|
F | 0.0 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_co_e
|
F | 0.0025 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_co2_e
|
F | -5.87112293333346 | mmol_per_h | ||||
Parameter | ub_EX_co2_e
|
F | 5.33854219999983 | mmol_per_h | ||||
Parameter | lb_EX_cys__L_e
|
F | -0.08 | mmol_per_h | ||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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Parameter | fbalb_EX_urea_e
|
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type | Rules [76] | assignment | name | derived units | sbo | cvterm | |
---|---|---|---|---|---|---|---|
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= | |||||
Rule | lb_EX_ribflv_e
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Rule | lb_EX_spmd_e
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Rule | lb_EX_sprm_e
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Rule | lb_EX_thm_e
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Rule | lb_EX_thmmp_e
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Rule | lb_EX_urea_e
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Rule | lb_EX_uri_e
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