{% from "/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html" import qc_metrics %} {% macro taxprofiler_qc_metrics(samples) %} {% set metrics = [ {"name": "RNA Integrity Number (RIN)", "key": "rin", "description": "Mått på skala från 1 till 10 för kvalitet och integritet hos RNA-prover."}, {"name": "Ingående mängd [ng]", "key": "input_amount", "description": "Mängd RNA som användes för tillredning av biblioteket."}, {"name": "Läspar [M]", "key": "million_read_pairs", "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."}, {"name": "Läspar efter filtrering [M]", "key": "million_read_pairs_after_filtering", "description": "Antal sekvenseringsläsningar efter filtrering."}, {"name": "Genomsnnittlig läslängd [bp]", "key": "average_read_length", "description": "Genomsnittlig längd på läsningar."}, {"name": "Genomsnittlig läslängd efter trimmning read1 [bp]", "key": "mean_length_r1", "description": "Genomsnittlig längd på läsningar för read1."}, {"name": "Genomsnittlig läslängd efter trimmning read2 [bp]", "key": "mean_length_r2", "description": "Genomsnittlig längd på läsningar för read2."}, {"name": "Duplikat [%]", "key": "duplicates", "description": "Sekvenseringsläsningar som är duplikat (kopior) och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserat bibliotek eller djup sekvensering."}, {"name": "GC innehåll [%]", "key": "gc_content", "description": "Andel guanin- och cytosinbaser i ett prov, beräknat på trimmade läsningar."}, {"name": "Mappade sekvenser [M]", "key": "mapped_reads", "description": "Antal sekvenserinsgläsningar som matchar en eller flera positioner i referensgenomet."}, ] %} {{ qc_metrics(samples=samples, metrics=metrics) }} {% endmacro %}