Importer des fichiers
Importer depuis le système de fichiers local
- Importer des fichiers DICOM individuellement ou en tant que répertoire.
- Lors de la sélection de fichiers individuels, le suffixe par défaut est .dcm, mais cela peut être modifié à l'aide des options de la boîte de dialogue de sélection de fichiers.
- Lors de la sélection d'un répertoire, tous les fichiers dans ce répertoire et ses sous-répertoires seront tentés d'être importés.
- Pour qu'un fichier soit accepté et importé, il doit :
- Être un fichier DICOM valide (selon la norme DICOM) avec des informations de méta fichier valides, y compris une préambule DICOM dans l'en-tête du fichier.
- Contenir les attributs suivants :
- SOPClassUID
- StudyInstanceUID
- SeriesInstanceUID
- SOPInstanceUID
- La classe de stockage doit correspondre à l'une des classes de stockage définies pour le projet. (voir Modalités et Classes de Stockage dans Aide/Paramètres du Projet)
- Avoir capturé avec succès son PHI
- Ne pas avoir été importé auparavant, c'est-à-dire que le SOPInstanceUID ne doit pas être stocké dans le magasin de données de l'Anonymiseur.
- Si un fichier ne remplit pas les conditions ci-dessus, il sera mis en quarantaine dans le répertoire de stockage, c'est-à-dire pour les quatre premiers cas respectivement :
- /private/quarantine/Invalid_DICOM
- /private/quarantine/Missing_Attributes
- /private/quarantine/Invalid_Storage_Class
- /private/quarantine/Capture_PHI_Error
- Si un fichier a déjà été importé, il sera ignoré.
- La boîte de dialogue d'importation de fichiers affiche le résultat de chaque importation de fichier sur chaque ligne dans sa boîte de texte défilante.
- Si un fichier est importé avec succès, il affichera un chemin de fichier abrégé suivi de PHI Patient ID => ID du Patient Anonymisé comme montré dans la capture d'écran ci-dessous.
- En cas d'erreur, il affichera un chemin de fichier abrégé suivi d'un message d'erreur approprié sur la ligne suivante, comme montré dans la capture d'écran ci-dessous.
Importer depuis un serveur DICOM distant
Dans le tableau de bord, cliquez sur le bouton Requête pour d'abord envoyer un écho DICOM au serveur distant et, si réussi, ouvrir la vue Requête, Récupération et Importation.
La vue Requête, Récupération et Importation
Recherche d'études
- Un serveur DICOM distant peut être interrogé pour lister les études correspondantes dans la vue des résultats de la requête en utilisant un ou une combinaison des champs de requête standard :
- Nom du patient : Caractères alphabétiques avec et sans accents, chiffres, séparateur ^, ? pour joker de caractère unique, * pour joker de chaîne
- ID du patient : Caractères ASCII et chiffres, ? pour joker de caractère unique, * pour joker de chaîne
- Modalité : Liste déroulante avec les modalités configurées dans les Paramètres du Projet
- Date de l'étude : Date spécifique ou plage de dates au format AAAAMMJJ-AAAAMMJJ
- N° d'accès : Caractères ASCII, chiffres et "/-_,." ? pour joker de caractère unique, * pour joker de chaîne
- Une liste délimitée par des virgules peut être entrée dans N° d'accès pour effectuer plusieurs recherches.
- Recherche en masse de numéros d'accès via le bouton Charger les numéros d'accès et un fichier texte avec le suffixe ".txt" ou ".csv" contenant une liste délimitée par des virgules ou des retours chariot.
- L'interrupteur Afficher les études importées en haut à droite contrôle si les études importées sont incluses dans la liste des résultats de recherche.
- Seules les études contenant des modalités définies pour le projet seront affichées et disponibles pour la sélection.
Sélection des études et importation
- Les études peuvent être sélectionnées individuellement (clic de souris), en groupes (maintenir la touche CMD ou CTRL enfoncée) ou en bloc en utilisant le bouton Sélectionner tout.
- Désélectionner les études en cliquant individuellement ou en utilisant le bouton Effacer la sélection.
- Avant d'importer des études, choisissez le niveau (Étude, Série, Instance) à utiliser pour le processus d'importation (via DICOM C-MOVE) dans le menu déroulant, Niveau de déplacement.
- Cliquer sur le bouton Importer et Anonymiser lancera le Dialogue d'importation des études.
- Le serveur distant sera d'abord interrogé pour chaque étude sélectionnée afin de compiler une hiérarchie d'UID d'étude correspondant au niveau de déplacement sélectionné.
- L'importation sera ensuite lancée et le Dialogue d'importation des études affichera une barre de progression suivant le nombre d'images importées de la hiérarchie de l'étude.
- Le processus d'importation se terminera une fois que toutes les études auront été demandées et que tous les fichiers d'une étude auront été reçus ou qu'un délai d'attente se soit produit.
- Si le serveur distant ne répond pas dans le délai d'attente défini pour le projet : Délai d'attente réseau pour chaque transfert de fichier, le processus d'importation pour cette étude est terminé.
- Le Dialogue d'importation des études affichera le résultat du processus d'importation une fois terminé, comme montré dans la capture d'écran ci-dessous :
- Après avoir fermé le Dialogue d'importation des études en utilisant le bouton Fermer, les études importées avec succès seront surlignées en vert dans la vue des résultats de la requête, comme montré ci-dessous :
Gestion des problèmes de déplacement DICOM
- Si le processus d'importation ne parvient pas à importer toutes les études avec succès, ajustez le délai d'attente réseau et le niveau de déplacement et réessayez en cliquant sur le bouton d'importation.
- L'Anonymiseur a été conçu pour gérer les serveurs DICOM non conformes à C-MOVE, en particulier les VNA qui fonctionnent en mode asynchrone avec des paramètres de priorité et de délai d'attente inconnus.
Exporter des fichiers
Dans le tableau de bord, cliquez sur le bouton Exporter pour d'abord envoyer un écho DICOM au serveur distant et, si réussi, ouvrir la vue Exporter.
La vue d'exportation
- La vue d'exportation fonctionne de manière similaire à la vue de requête, où les patients importés et anonymisés peuvent être sélectionnés pour exportation soit vers un serveur DICOM distant, soit vers un bucket AWS S3.
- Les patients peuvent contenir plusieurs études qui ont été importées indépendamment par le processus d'importation.
- Avant d'envoyer un fichier, l'Anonymiseur vérifiera avec le serveur distant (SCP ou AWS) s'il a déjà été envoyé et ne le renverra pas.
- L'état de l'exportation sera affiché en temps réel dans la vue d'exportation.
- La date et l'heure d'une exportation réussie de patient et une barre de progression s'afficheront comme montré dans la capture d'écran ci-dessous :
Exporter le fichier CSV de recherche de patients
- Un fichier de recherche de patients contenant les données PHI du projet peut être créé à tout moment pendant un projet en utilisant le bouton Créer une recherche de patients dans la vue d'exportation.
- Le fichier de données PHI est sauvegardé au format CSV dans le sous-répertoire privé des répertoires de stockage ici :
- /private/phi_export/
- Le format du fichier de recherche suit le fichier d'index de l'Anonymiseur JAVA avec les champs suivants ajoutés à chaque ligne d'étude : Nombre de séries, Nombre d'instances
Tableau de bord
- Le tableau de bord du projet affiche les métriques pertinentes du projet liées au jeu de données actuellement conservé dans le répertoire de stockage.
- Les vues de requête et d'exportation sont lancées depuis le tableau de bord en utilisant les boutons correspondants.
- Le nombre de fichiers en attente dans la file d'attente de l'Anonymiseur pour être anonymisés par un thread de travail de l'Anonymiseur est affiché en bas à gauche du tableau de bord.
- L'état d'une opération initiée à partir du menu ou du tableau de bord est affiché en bas à droite du tableau de bord.