ProSHADE  0.7.6.1 (AUG 2021)
Protein Shape Detection
ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data Member List

This is the complete list of members for ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data, including all inherited members.

aAngleProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
addExtraSpace(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
allocateEMatrices(proshade_unsign band)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
allocateRotatedSHMemory(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
allocateRRPMemory()ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
allocateSO3CoeffsSpace(proshade_unsign band)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
allocateWignerMatricesSpace()ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
bAngleProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
cAngleProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
centreMapOnCOM(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeFSC(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSym, size_t symIndex, fftw_complex *mapData, fftw_complex *fCoeffs, fftw_complex *origCoeffs, fftw_plan *planForwardFourier, proshade_signed noBins, proshade_signed *binIndexing, proshade_double **&bindata, proshade_signed *&binCounts)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeFSC(ProSHADE_settings *settings, proshade_double *sym, fftw_complex *mapData, fftw_complex *fCoeffs, fftw_complex *origCoeffs, fftw_plan *planForwardFourier, proshade_signed noBins, proshade_signed *binIndexing, proshade_double **&bindata, proshade_signed *&binCounts)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeRotatedSH(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeRotationFunction(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeRRPMatrices(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeSphericalHarmonics(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
computeTranslationMap(ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data *obj1)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
convertRotationFunction(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
createNewMapFromBounds(ProSHADE_settings *settings, ProSHADE_data *&newStr, proshade_signed *newBounds)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
deepCopyMap(proshade_double *&saveTo, proshade_signed verbose)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
detectSymmetryFromAngleAxisSpace(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *axes, std::vector< std::vector< proshade_double > > *allCs)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
eMatricesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
figureIndexStartStop(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
fileNameProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
fileTypeProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
findMapCOM(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
findRequestedCSymmetryFromAngleAxis(ProSHADE_settings *settings, proshade_unsign fold, proshade_double *peakThres)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
findTopGroupSmooth(std::vector< proshade_double * > *CSym, size_t peakPos, proshade_double step, proshade_double sigma, proshade_signed windowSize)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getAllGroupElements(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_unsign > axesList, std::string groupType="", proshade_double matrixTolerance=0.05)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getAnySphereRadius(proshade_unsign shell)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getBestRotationMapPeaksEulerAngles(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getBestTranslationMapPeaksAngstrom(ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data *staticStructure)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getComparisonBand(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getCyclicSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getCyclicSymmetriesListFromAngleAxis(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getDihedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getEMatrixByBand(proshade_unsign band)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getEMatrixValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order1, proshade_unsign order2, proshade_double *valueReal, proshade_double *valueImag)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getIcosahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getImagEMatrixValuesForLM(proshade_signed band, proshade_signed order1, double *eMatsLMImag, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getImagRotFunction(double *rotFunImag, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getImagSO3Coeffs(double *so3CoefsImag, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getImagSphHarmValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order, proshade_unsign shell)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getImagTranslationFunction(double *trsFunImag, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getIntegrationWeight(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getInternalMap(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getInvSO3Coeffs(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getMapCOMProcessChange(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getMapValue(proshade_unsign pos)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getMaxBand(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getMaxSpheres(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getNoRecommendedSymmetryAxes(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getOctahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getOverlayRotationFunction(ProSHADE_settings *settings, ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data *obj2)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getPredictedIcosahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getPredictedOctahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getPredictedTetrahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRealEMatrixValuesForLM(proshade_signed band, proshade_signed order1, double *eMatsLMReal, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRealRotFunction(double *rotFunReal, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRealSO3Coeffs(double *so3CoefsReal, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRealSphHarmValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order, proshade_unsign shell)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRealTranslationFunction(double *trsFunReal, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getReBoxBoundaries(ProSHADE_settings *settings, proshade_signed *&ret)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRecommendedSymmetryFold(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRecommendedSymmetryType(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRotMatrixFromRotFunInds(proshade_signed aI, proshade_signed bI, proshade_signed gI, double *rotMat, int len)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getRRPValue(proshade_unsign band, proshade_unsign sh1, proshade_unsign sh2)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getShellBandwidth(proshade_unsign shell)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getSO3Coeffs(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getSpherePositions(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getSpherePosValue(proshade_unsign shell)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getSymmetryAxis(ProSHADE_settings *settings, proshade_unsign axisNo)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getTetrahedralSymmetriesList(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSymList)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getTranslationFnPointer(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getWignerMatrixValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order1, proshade_unsign order2, proshade_double *valueReal, proshade_double *valueImag)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getXAxisOrigin(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getXDim(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getXDimSize(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getXFromPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getXToPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getYAxisOrigin(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getYDim(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getYDimSize(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getYFromPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getYToPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getZAxisOrigin(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getZDim(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getZDimSize(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getZFromPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
getZToPtr(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
inputOrderProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
integrationWeightProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
internalMapProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
interpolateMapFromSpheres(proshade_double *&densityMapRotated)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
invertMirrorMap(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
invertSHCoefficients(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
isEmptyProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapCOMProcessChangeXProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapCOMProcessChangeYProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapCOMProcessChangeZProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapMovFromsChangeXProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapMovFromsChangeYProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapMovFromsChangeZProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
mapToSpheres(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
maskMap(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
maxCompBandProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
maxShellBandProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
normaliseEMatrixValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order1, proshade_unsign order2, proshade_double normF)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
normaliseMap(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
noSpheresProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalMapXComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalMapYComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalMapZComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbRotCenXProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbRotCenYProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbRotCenZProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbTransXProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbTransYProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
originalPdbTransZProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
prepareFSCFourierMemory(fftw_complex *&mapData, fftw_complex *&origCoeffs, fftw_complex *&fCoeffs, proshade_signed *&binIndexing, proshade_signed *noBins, proshade_double **&bindata, proshade_signed *&binCounts, fftw_plan *planForwardFourier)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
processInternalMap(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
ProSHADE_data()ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
ProSHADE_data(std::string strName, double *mapVals, int len, proshade_single xDmSz, proshade_single yDmSz, proshade_single zDmSz, proshade_unsign xDmInd, proshade_unsign yDmInd, proshade_unsign zDmInd, proshade_signed xFr, proshade_signed yFr, proshade_signed zFr, proshade_signed xT, proshade_signed yT, proshade_signed zT, proshade_unsign inputO)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
readInGemmi(gemmi::Structure gemmiStruct, ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
readInMAP(ProSHADE_settings *settings, proshade_double *maskArr=nullptr, proshade_unsign maskXDim=0, proshade_unsign maskYDim=0, proshade_unsign maskZDim=0, proshade_double *weightsArr=nullptr, proshade_unsign weigXDim=0, proshade_unsign weigYDim=0, proshade_unsign weigZDim=0)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
readInPDB(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
readInStructure(std::string fName, proshade_unsign inputO, ProSHADE_settings *settings, proshade_double *maskArr=nullptr, proshade_unsign maskXDim=0, proshade_unsign maskYDim=0, proshade_unsign maskZDim=0, proshade_double *weightsArr=nullptr, proshade_unsign weigXDim=0, proshade_unsign weigYDim=0, proshade_unsign weigZDim=0)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
readInStructure(gemmi::Structure gemmiStruct, proshade_unsign inputO, ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
removePhaseInormation(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
reportOverlayResults(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double > *rotationCentre, std::vector< proshade_double > *eulerAngles, std::vector< proshade_double > *finalTranslation)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
reportSymmetryResults(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
reSampleMap(ProSHADE_settings *settings)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
rotateMapRealSpace(proshade_double axX, proshade_double axY, proshade_double axZ, proshade_double axAng, proshade_double *&map)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
rotateMapRealSpaceInPlace(proshade_double eulA, proshade_double eulB, proshade_double eulG)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
rotateMapReciprocalSpace(ProSHADE_settings *settings, proshade_double eulerAlpha, proshade_double eulerBeta, proshade_double eulerGamma)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
rotSphericalHarmonicsProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
rrpMatricesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
saveDetectedSymmetries(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSyms, std::vector< std::vector< proshade_double > > *allCs)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
saveRecommendedSymmetry(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSym, std::vector< proshade_double * > *DSym, std::vector< proshade_double * > *TSym, std::vector< proshade_double * > *OSym, std::vector< proshade_double * > *ISym, std::vector< proshade_double * > *axes, fftw_complex *mapData, fftw_complex *origCoeffs, fftw_complex *fCoeffs, fftw_plan *planForwardFourier, proshade_signed noBins, proshade_signed *binIndexing, proshade_double **bindata, proshade_signed *binCounts)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
saveRequestedSymmetryC(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *CSym, std::vector< proshade_double * > *axes)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
saveRequestedSymmetryD(ProSHADE_settings *settings, std::vector< proshade_double * > *DSym, std::vector< proshade_double * > *axes, fftw_complex *mapData, fftw_complex *origCoeffs, fftw_complex *fCoeffs, fftw_plan *planForwardFourier, proshade_signed noBins, proshade_signed *binIndexing, proshade_double **bindata, proshade_signed *binCounts)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
setEMatrixValue(proshade_unsign band, proshade_unsign order1, proshade_unsign order2, proshade_complex val)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
setIntegrationWeight(proshade_double intW)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
setIntegrationWeightCumul(proshade_double intW)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
setPDBMapValues(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_dataprotected
setSO3CoeffValue(proshade_unsign position, proshade_complex val)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
setWignerMatrixValue(proshade_complex val, proshade_unsign band, proshade_unsign order1, proshade_unsign order2)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
shellBandExists(proshade_unsign shell, proshade_unsign bandVal)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
so3CoeffsProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
so3CoeffsArrayIndex(proshade_signed order1, proshade_signed order2, proshade_signed band)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
so3CoeffsInverseProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
sphereMappedRotFun (defined in ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
spherePosProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
spheresProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
sphericalHarmonicsProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
translateMap(proshade_double trsX, proshade_double trsY, proshade_double trsZ)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
translationMapProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
wignerMatricesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
writeGemmi(std::string fName, gemmi::Structure gemmiStruct, proshade_double euA=0.0, proshade_double euB=0.0, proshade_double euG=0.0, proshade_double trsX=0.0, proshade_double trsY=0.0, proshade_double trsZ=0.0, proshade_double rotX=0.0, proshade_double rotY=0.0, proshade_double rotZ=0.0, bool firstModel=true)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
writeMap(std::string fName, std::string title="Created by ProSHADE and written by GEMMI", int mode=2)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
writeMask(std::string fName, proshade_double *mask)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
writeOutOverlayFiles(ProSHADE_settings *settings, proshade_double eulA, proshade_double eulB, proshade_double eulG, std::vector< proshade_double > *rotCentre, std::vector< proshade_double > *ultimateTranslation)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
writePdb(std::string fName, proshade_double euA=0.0, proshade_double euB=0.0, proshade_double euG=0.0, proshade_double trsX=0.0, proshade_double trsY=0.0, proshade_double trsZ=0.0, proshade_double rotX=0.0, proshade_double rotY=0.0, proshade_double rotZ=0.0, bool firstModel=true)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xAxisOrderProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xAxisOriginProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xAxisOriginOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xDimIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xDimIndicesOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xDimSizeProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xDimSizeOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xFromProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xGridIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
xToProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yAxisOrderProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yAxisOriginProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yAxisOriginOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yDimIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yDimIndicesOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yDimSizeProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yDimSizeOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yFromProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yGridIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
yToProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zAxisOrderProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zAxisOriginProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zAxisOriginOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zComProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zDimIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zDimIndicesOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zDimSizeProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zDimSizeOriginalProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zeroPaddToDims(proshade_unsign xDim, proshade_unsign yDim, proshade_unsign zDim)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zFromProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zGridIndicesProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
zToProSHADE_internal_data::ProSHADE_data
~ProSHADE_data(void)ProSHADE_internal_data::ProSHADE_data