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Phybers
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Segmentation of neural fibers based on a multi-subject atlas. This algorithm has the objective of classifying the subject fibers according to a multi-subject fascicle atlas. To classify the fibers of a subject, it utilizes the maximum euclidian distance between each subject fibers and each atlas centroid, keeping only the fibers with a distance below a defined threshold for each atlas fascicle. Segmentación de fibras cerebrales basado en atlas multisujeto. Este algoritmo tiene el objetivo de clasificar las fibras de los sujetos en función de un atlas de fascículos multisujeto. Para clasificar las fibras de un sujeto se utiliza la máxima distancia Euclidiana entre cada fibra del sujeto y cada centroide del atlas, manteniendo solamente las fibras con una distancia por debajo de un umbral definido para cada fascículo del atlas.
The segmentation module is executed by running the following on console:
python3 -m segmentation <npoints> <fibrasdir> <idsubj> <atlasdir> <atlasInformation> <result_path>
Donde la definición de cada argumento se puede encontrar en el siguiente enlace: segmentation.main Where each argument's definition can be found in the following link: segmentation.main
1.9.2